水路运输主要是利用天然水道，进行大批量、长距离的运输。
1.运输能力大
在五中运输方式中，水路运输能力最大。在长江干线，一支拖驳或顶推驳船队的载运能力达3.2万吨，国外最大的顶推驳船队的载运能力已达3-4万吨，世界上最大的游船曾经达56.3万吨。。
2.能耗低
我国水路运输中，柴油机占发动机功率的95%，其中低速柴油机约占88%。低速柴油机占发动机功率的95%，其中低速柴油机热效率较高，一般可达40%-50%，而铁路内燃机热效率约为30%，因此，船舶单位能耗低于铁路，更低于公路。美国运输部统计资料表明，1加仑（1加仑=4.5461升）燃油，大型卡车可完成59吨英里。汽车的能源消耗约为内河船舶的10倍，铁路的能源消耗约为内河的2倍。
3.运输成本低
沿海船舶吨位大，运输成本一般较铁路低，长江干线的运输成本为铁路的84%，沿海运输成本只有铁路的40%。德国内河运输成本为铁路的1/3、公路的1/5，而美国内河运输成本仅为铁路的1/4、公路的1/15.
4.建设投资少
水路运输除需投资构造船舶、建设港口外，在一般情况下，是利用江河湖海等自然资源行船，沿海航道几乎不需投资建设，内河航道整治也仅仅只有铁路建设费用的1/5-1/3.
5.土地占用少
与铁路、公路相比，水运占用土地少，基本不占用耕地。有些航道的整治和港口的建设可利用疏浚的泥沙回填，增加沿岸的可利用土地面积。
6.劳动生产率高
沿海运输劳动生产率是铁路运输的6.4倍，长江干线运输的劳动生产率是铁路运输的1.26倍。
7.平均运距长
水路运输平均运距分别是铁路运输的2.3倍，公路运输的59倍，管道运输的2.7倍，但只有航空运输的68%。
8.运输速度慢
船舶运输平均航速较慢，在途中的时间长，不能快速将货物运达目的地，增加货主流动资金的占有量。
9.受自然条件的影响大
水上运输易受台风或气候条件的影响，货物送到期限难以准确保证；内河航道枯洪水期水位变化大；北方内河航道和有些海港冬季结冰，不能实现全年通航。
10. 可达性差
水路运输只能在固定的水路航线进行运输，常常需要其他运输方式与之配合和衔接，才能实现"门到门"运输。
水路运输事宜运距长、运量大对送达时间要求不高的大宗货物运输，也适合集装箱运输。